La collection de dessins anciens assemblée par Frits Lugt puis ses successeurs à la direction de la Fondation Custodia est l’une des plus importantes – en nombre d’œuvres comme en qualité – aujourd’hui en mains privées. Frits Lugt a surtout collectionné les dessins hollandais et flamands (XV^e-XVIII^e siècles), italiens (XV^e-XVIII^e siècles) et français (XVII^e et XVIII^e siècles). Sa parfaite connaissance du marché de l’art de l’époque, alliée à son savoir encyclopédique, lui permirent d’acquérir nombre de feuilles exceptionnelles.

Les dessins hollandais du Siècle d’or surtout offrent un ensemble inégalé en France par la qualité de ses feuilles et le panorama très complet qu’il présente de la production dessinée dans les Pays-Bas du Nord. Au centre de cette collection, pas moins de vingt-et-un dessins de Rembrandt, artiste que Frits Lugt affectionnait tout particulièrement et sur lequel il avait beaucoup travaillé. Le collectionneur ne s’est pas contenté des artistes du XVII^e siècle hollandais, mais a aussi assemblé de très importantes feuilles du siècle précédent (Maarten van Heemskerck, Lucas de Leyde, Hendrick Goltzius…).

Il en est de même du fonds de dessins flamands ; le XVI^e comme le XVII^e siècle y sont représentés par leurs plus grands protagonistes, de Gossaert (dit Mabuse) à Pieter Bruegel l’Ancien et son fils Jan (dit de Velours) ; pour le XVII^e siècle, plus de trente remarquables feuilles de Rubens, Van Dyck et Jordaens forment le cœur de l’ensemble et côtoient celles des grands paysagistes, portraitistes et peintres d’histoire flamands de cette époque.

Si les collections de dessins italiens et français sont un peu moins étendues, elles n’en sont pas moins importantes. Lugt a su assembler des œuvres d’artistes de premier plan de tous les grands centres de production artistiques italiens de la Renaissance jusqu’au Settecento (Stefano da Verona, Léonard de Vinci, Andrea del Sarto, Federico Barocci, Guercino, les Tiepolo…) et des feuilles de Claude Lorrain, Watteau, Fragonard, Boucher, Hubert Robert, Greuze…

Outre ces quatre axes principaux de la collection de dessins, le collectionneur s’est également intéressé aux arts anglais, allemand et espagnol, formant des fonds significatifs qui comptent nombre de feuilles remarquables (Bonington, Dürer, Ribera…).

Motivé par les dessins que Rembrandt avait faits d’après des miniatures indiennes, Lugt a par ailleurs posé les premiers jalons d’une collection dans ce domaine. Celle-ci fut considérablement augmentée après son décès, et constitue aujourd’hui l’un des trois plus importants ensembles de miniatures indiennes en France (après ceux du musée Guimet et de la Bibliothèque nationale de France).

Les successeurs de Frits Lugt continuèrent d’enrichir les ensembles déjà constitués par le grand collectionneur, tentant de toujours conserver le niveau élevé de qualité des œuvres acquises. Ils développèrent en outre deux nouveaux axes majeurs : les dessins français du XIX^e siècle avec un accent tout particulier sur l’art du paysage (Michallon, Corot, Isabey, Daubigny…) et le dessin du Siècle d’or danois (Abildgaard, Lundbye, Eckersberg, Hammershøi …).