Il en est de même du fonds de dessins flamands ; le XVIe comme le XVIIe siècle y sont représentés par leurs plus grands protagonistes, de Gossaert (dit Mabuse) à Pieter Bruegel l’Ancien et son fils Jan (dit de Velours) ; pour le XVIIe siècle, plus de trente remarquables feuilles de Rubens, Van Dyck et Jordaens forment le cœur de l’ensemble et côtoient celles des grands paysagistes, portraitistes et peintres d’histoire flamands de cette époque.